Медицинское обслуживание района осуществляет Краевое бюджетное учреждение здравоохранения «Быстроистокская ЦРБ». Сохранена сеть лечебно-профилактических учреждений, это центральная районная больница и районная поликлиника, участковая больница, 2 врачебных амбулатории, 4 фельдшерско-акушерских пункта. В здравоохранении работают 138 сотрудника, в том числе 16 врачей, 60 средних, 6 младших медицинских работников и 56 человек прочего персонала. За 2019 год принято 52,5 тыс. больных, в стационаре пролечено 1361 больных, в том числе на дневном - 609 чел.
Наиболее остро стоит вопрос укомплектованности кадров. В настоящее время районная больница укомплектована на 69% врачами и на 80% средними медицинскими работниками. Имеются вакансии участкового терапевта, хирурга, терапевта, фельдшера, медсестры. В 2019 г. 2 молодых специалиста получили жилье в рамках ФЦП по категории: «Молодая семья и специалисты села»(терапевт и фельдшер скорой помощи). Продолжается возмещение из районного бюджета расходов по найму жилого помещения молодым специалистам.
В Быстроистокском районе, как и в целом в Алтайском крае реализуется комплекс мероприятий, направленных на формирование здорового образа жизни, борьбу с неинфекционными заболеваниями и факторами риска их развития.